Le Président indonésien Joko «Jokowi» Widodo a exprimé son attachement aux  droits humains dans des discours, mais ceci n’a pas conduit à des initiatives politiques significatives dans ce sens. Les minorités religieuses sont victimes de harcèlement, d'intimidation et de violence de la part de militants sunnites, de responsables gouvernementaux et des forces de sécurité. Les autorités indonésiennes restreignent l'accès des médias étrangers à la Papouasie, invoquant des activités insurrectionnelles dans cette région. Les forces de sécurité indonésiennes sont rarement traduites en justice pour des abus graves, en particulier en Papouasie. Le gouvernement n'a toujours pas mis en place un mécanisme de justice et réconciliation, comme promis, pour les massacres de 1965-1966. Les minorités sexuelles et de genre sont souvent victimes d’attaques et de discrimination contre les personnes LGBT.

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