Pada Agustus 2018, Jokowi memohon agar rakyat Indonesia mempraktikkan toleransi beragama. Konteksnya: kelompok-kelompok religius dan minoritas gender terus-menerus mengalami diskriminasi dan pelecehan. Namun, otoritas tetap saja menangkap dan mengadili orang-orang dengan dasar Pasal Penodaan Agama. Pengadilan-pengadilan bahkan memenjarakan enam di antaranya pada 2018. Orang-orang lesbian, gay, biseksual, dan transgender (LGBT) di Indonesia berulang kali diserbu oleh polisi, yang semakin lama semakin kasar, mengintimidasi, serta merendahkan, dan itu jelas mencederai hak-hak mereka atas privasi.
"Presiden Jokowi memilih untuk tak memakai modal politiknya buat membongkar aturan-aturan diskriminatif atau melindungi minoritas dari kesemena-menaan," ujar Elaine Pearson dari Human Rights Watch. "Tak hanya memperbesar risiko bagi kelompok-kelompok yang terpinggirkan, pilihan itu juga mendorong kelompok-kelompok Islamis militan untuk terus bertindak semau mereka."
Dalam World Report 2019 yang tebalnya 674 halaman itu—edisi ke-29—Human Rights Watch meninjau praktik-praktik HAM di lebih dari 100 negara. Direktur Eksekutif Human Rights Watch Kenneth Roth, dalam kata pengantarnya, mengatakan bahwa kelompok populis yang menyebarkan kebencian dan intoleransi di banyak negara membangkitkan perlawanan balik. Aliansi-aliansi baru sejumlah pemerintahan yang menjunjung tinggi hak asasi, sering kali didorong dan ditopang publik dan organisasi-organisasi sipil, kini membendung kesemena-menaan yang merupakan luberan kekuasaan otokratis. Keberhasilan perlawanan ini menggambarkan kemungkinan melindungi HAM-tepatnya, tanggung jawab untuk melindungi HAM—bahkan pada masa-masa yang lebih suram.
Menurut laporan Komisi Nasional Anti Kekerasan Terhadap Perempuan (Komnas Perempuan), ada ratusan peraturan diskriminatif di tingkat nasional dan daerah yang terus-menerus merugikan perempuan, termasuk sejumlah peraturan daerah yang mewajibkan perempuan dan anak perempuan mengenakan jilbab di sekolah, kantor-kantor pemerintahan, dan ruang-ruang publik.
Pemerintahan Jokowi juga gagal mencabut larangan bagi jurnalis-jurnalis asing untuk mengunjungi provinsi-provinsi Papua dan Papua Barat, sementara wartawan-wartawan Indonesia di sana dipersulit dengan pengendalian serta pengawasan ketat. Hal ini menghalangi upaya-upaya pelaporan soal serangan gerilyawan Papua Merdeka yang sedikitnya memakan 17 korban nyawa pada Desember lalu.
Ada beberapa tindakan positif pemerintahan Jokowi dalam bidang pertanahan untuk mengurangi perampasan lahan. Pada Februari, dengan dukungan Bank Dunia, Jokowi meluncurkan sebuah program untuk mendaftarkan seluruh lahan di Indonesia, termasuk yang dipersengketakan, pada 2025. Ia mengumumkan moratorium pembukaan perkebunan sawit, yang berkaitan dengan penggundulan hutan, perubahan iklim, serta kesewenang-wenangan terhadap masyarakat adat. Kepada kementerian-kementerian yang bertanggungjawab, ia memerintahkan agar tak ada pemberian izin pembukaan lahan perkebunan sawit pada hutan-hutan negara hingga 2021.
Menurut banyak kelompok yang memperjuangkan hak-hak masyarakat adat dan petani, moratorium dan sertifikasi lahan saja tak cukup buat mengatasi kasus-kasus persengketaan lahan. Pada 2017, Konsorsium Pembaruan Agraria mencatat telah terjadi 659 konflik terkait lahan yang memengaruhi kehidupan 650.000 keluarga.
Pemerintah Indonesia telah melakukan beberapa tindakan menjanjikan buat mengakhiri pemasungan orang-orang dengan kondisi kesehatan mental, mengurangi jumlah korban yang dipasung atau dikurung di ruang-ruang sempit dari hampir 18.800 orang, menurut laporan terbaru, menjadi 12.800 orang, menurut data pemerintah.
"Sejumlah kemajuan dalam urusan hak-hak atas lahan dan hak-hak disabilitas bisa dibilang menggembirakan, tetapi Presiden Jokowi harus melipatgandakan upayanya untuk melindungi hak-hak segenap rakyat Indonesia yang terancam," kata Pearson.
